FileMaker Pro Advanced では、データベース暗号化機能を使用して、データベースファイルの内容を暗号化することができます。データベースの暗号化では、データベースファイルの暗号化パスワードとランダムに作成された UUID (Universally Unique Identifier) が組み合わされます (UUID は salt とも呼ばれます)。FileMaker Server では、サーバー管理者またはグループ管理者は、共有するためにファイルを開くときに暗号化パスワードを入力します。